基準試料（この場合はブドウ糖）が異なればGI値は当然変化する。
・欧米では主食である白パン、日本では米飯が基準となる事がある。

　面積によって決まる数値のため、上昇速度やピーク値は低くても、長時間血糖値が上がる食品はGI値が高くなる。 また、砂糖のように急激に高い血糖値へ上昇し、その後速やかに下降するような試料も、面積さえ少なければGI値は低くなる。

つまりGI値は、血糖値の急上昇によるインスリンの過剰分泌と急降下、及びピーク値の影響度合を正確に表現できない値と言える。 当然ながら健常者で測定しているデータは糖尿病患者には参考にならない。（ただし糖尿病患者を対象とした研究もある）

一食分あたりではなく炭水化物５０ｇあたりの試料で比較するため、比較試料の重量にも気を付けるべきである。ウドンとソバでは比較重量が違う。

炭水化物の非常に少ない肉類などは、実質的に測定不可能である。例えば豚モモ肉は１００ｇあたり炭水化物量が０．２ｇのため、およそ２５ｋｇ摂取しなければ測定できない。

インターネット上では基準試料を表示せず、不正確な値を掲載しているサイトが多々見受けられるため注意が必要である。